Le conseil d’administration
L’epf est administré par un conseil d’administration composé de 47 membres désignés pour 6 ans, dont :
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12 représentants du conseil régional,
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12 représentants des conseils généraux,
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2 représentants de la communauté urbaine de Brest Métropole Océane,
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10 représentants des communautés d’agglomération,
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5 représentants des communautés de communes,
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3 représentants des chambres consulaires régionales,
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3 représentants de l’Etat.
Il s’est réuni pour la première fois le 6 octobre 2009. Suite aux élections régionales de mars 2010, sa composition a été en partie renouvelée.

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Il règle par ses délibérations les affaires de l’établissement et se réunit au moins deux fois par an pour :
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Déterminer l’orientation de la politique de l’établissement et le plan pluriannuel d’interventions,
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Fixer annuellement le montant de la Taxe Spéciale d’Equipement,
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Approuver le budget et autoriser les emprunts,
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Approuver les conventions-cadres.
Le bureau
Le bureau est composé du président et de 13 vice-présidents, élus par le conseil d’administration.
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3 représentants du conseil régional,
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4 représentants des conseils généraux,
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5 représentants des intercommunalités,
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1 représentant des chambres consulaires.
Suite aux élections régionales de mars 2010, sa composition a également été en partie renouvelée.

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Il se réunit régulièrement pour :
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Etudier les sollicitations des collectivités,
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Approuver les conventions opérationnelles.
Le président
Le président de l’epf est issu du collège des représentants du conseil régional et élu par le conseil d’administration.
En lien avec le directeur général, il suit les affaires de l’établissement, prépare et dirige les réunions du conseil d’administration et du bureau.
Les tutelles
En tant qu’établissement public d’Etat, Foncier de Bretagne est soumis à la tutelle de plusieurs ministères :
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le ministère de l’écologie, de l’énergie, du développement durable et de la mer (MEEDDEM),
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le ministère de l’économie, de l’industrie et de l’emploi,
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le ministère du budget, des comptes publics et de la fonction publique.
Localement, le préfet de région exerce un contrôle de légalité sur les délibérations du conseil d’administration et du bureau, ainsi que les décisions du directeur général.
Par ailleurs, sa gestion est examinée par un contrôleur financier. Ses comptes sont également contrôlés par la Cour des Comptes.